( 林丹汗达延汗确定的蒙古分封旧制所造成的尾大不掉之弊端很快就显现了。ww随着汗与台吉们在达延汗直嫡子孙间继承次数的增加，草场与人民也是不断地被细分到各自的子孙，封国愈来愈多，封地则愈来愈小。诸蕞尔封国形成了各自为政的自大局面，贵族间的联系不过是一种极其涣散的联盟而已。北元的晚期，渐渐地要回到从前一盘散沙的游牧状态了。

1603年，达延汗的五传继承人林丹汗，一位未经人间风浪的小男孩继承了汗位。因此，最初的小林丹汗，一种萧瑟的秋天的气息，就构成了他生命中的底­色­。

万历三十四年（1606年）时，明朝的兵部尚书萧大亨在谈起这位确立不久的北元新汗时，曾经用一种漫不经心的口吻说：“幼憨嗣立，懦弱未威。”那样的语调，真仿佛在谈论着秋天的一片吹落在窗户上的落叶，忧愁又如何呢？

十年之后，已经长成为一个英武青年的林丹汗，在巴林部的阿巴噶哈喇山修建了一个瓦察尔图察汉城（又称白城，即今天内蒙古的赤峰市），作为自己的行政中心。

林丹汗任命永谢布万户的却热斯塔布囊，提领本部军队守在现今的呼和浩特一带，监管右翼三万户的蒙古各部。又以内喀尔喀五部中乌齐叶特部的锡尔呼纳克洪台吉监督左翼三万户。这样的影响力其实都是有限的。

最初的林丹汗，只好死死地抓住了左翼三万户中的察哈尔八鄂托克，一刻也不能松手。内喀尔喀的巴林、扎鲁特、巴岳特、乌齐叶特、弘吉剌特等五部有一段时间对于林丹汗也颇乐意效鞍马之劳。

这个阶段，藏传佛教格鲁派（黄教）的传入却在深刻地改变着蒙古人的生活。

明万历六年（1578年）五月十五日，藏传佛教格鲁派（黄教）的传人索南嘉措与阿勒坦汗在青海湖畔的察卜恰勒庙前举行了在藏传黄教历史上意义重大的法会。

蒙古族地方豪强与藏僧最高领袖在这里第一次洽意浓地握手欢。

索南嘉措活佛毫不吝惜地赐予了阿勒坦汗“转千金轮咱克喇瓦尔第彻辰汗”封号。这是一个与元世祖孛儿只斤&middot忽必烈大汗同等尊荣的封号。阿勒坦汗则欣然地给索南嘉措活佛敬上了“圣识一切瓦齐尔达喇**喇嘛”尊号。这好像便是黄教中两大活佛之一**喇嘛（另一为班禅额尔德尼）的最初尊称。

在索南嘉措**喇嘛（即**三世，前二世是追认的）与政治强人土默特阿勒坦汗的大力鼓吹下，黄教在蒙古高原上的传递速度令人惊讶。

为了巩固黄教在蒙古族地区的传教成绩，1600年，索南嘉措**喇嘛在蒙古哈喇慎部圆寂时，立下遗嘱：立土默特阿勒坦汗的曾孙为他的转世灵童。这就是黄教中唯一一位的蒙古族**喇嘛，四世**喇嘛云丹嘉措了。

云丹嘉措身为蒙古黄金家族的成员，而转世为黄教的两大活佛之一--**喇嘛，这为黄教后来在全蒙古乃至像满族这样的一些其他民族，打开了一道传教的金光大道。后来，黄教便笼罩了蒙古许多部落的政治、经济的诸多方面。